La sede principale della FEEM si trova a Milano, presso il Palazzo delle Stelline, un antico monastero del XV secolo, completamente restaurato nel 1998. Gli uffici sono situati in uno dei grandi corridoi dell'antico monastero, il sito delle Benedettine di Santa Maria della Stella.

Nella sede di Milano sono ubicati i principali uffici della Fondazione dove si svolgono il coordinamento, l'amministrazione, la gestione della gran parte delle attività della Fondazione. La sede di Milano ospita anche la prestigiosa biblioteca della FEEM.
Il palazzo si trova in Corso Magenta, il "cuore" dell’eleganza milanese. Di fronte al palazzo si erge una delle chiese più belle di Milano, Santa Maria delle Grazie, ricca di memorie rinascimentali e luogo che ospita il "Cenacolo”, uno degli affreschi più importanti di Leonardo da Vinci.

Oggi il Palazzo delle Stelline è diventato sede di un prestigioso Centro Congressi e di alcuni istituti finanziari e culturali.